EGFR-geenin mutaatiotutkimus, plasmasta

Johdanto

Keuhkon ei-pienisoluisiin karsinoomiin liittyy noin 10-30% tapauksista aktivoiva EGFR-tyrosiinikinaasin mutaatio, joka yleensä ennustaa parempaa hoitovastetta.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta p. 020 785 1000

Indikaatiot

Keuhkon ei-pienisoluisen karsinooman EGFR-tyrosiinikinaasiestäjän hoitovasteen arvioiminen.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Tutkimus tilataan sähköisesti. Tutkimukseen liittyvät lisätiedot, potilaan taustatiedot ja kysymyksen asettelu, tulee kirjata lähetekenttään. 

Näytteenotto on keskitetty Fimlab-alueella seuraavasti:

Kanta-Häme: Fimlab Kanta-Hämeen keskussairaala

Keski-Suomi: Fimlab Nova

Pirkanmaa: Fimlab Tays

Pohjanmaa: Fimlab Vaasan keskussairaala

Päijät-Häme: Fimlab Päijät-Hämeen keskussairaala

Näyteastia

Näytteen ottamiseen on kaksi vaihtoehtoa:

1.      3 x 10/9 ml EDTA-putki.

TAI

2.      2 x 10 ml Streck Cell-Free DNA BCT -putki

Tyhjät näytteenottoputket tulee säilyttää huoneenlämmössä. Putket eivät saa jäätyä.

Tulosta WebFimlabista tarvitsemasi määrä potilastarroja ”Tarrojen uudelleentulostus” -kuvakkeen alta.

Näyte

9 ml EDTA-plasmaa

TAI

2 x 10 ml kokoverta erikoisputkeen (Streck-putki, 2 x 10 ml). Ehdoton minimimäärä 7 ml / putki.

Jos samassa yhteydessä otetaan muita näytteitä, ennen BCT-putkea suositellaan otettavaksi EDTA-veriputki. Glykolyyttisiä inhibiittoreita sisältävät putket (fluoridioksalaatti)  (glukoosi- ja laktaattiputket) otetaan vasta BCT-putkien jälkeen.

Liimaa tulostetut tarrat näyteputkiin. Näytteenoton jälkeen putket sekoitetaan kääntelemällä putkia ympäri, EDTA-putket 8-10 kertaa ja Streck-putket vähintään 10 kertaa tai asettamalla putket sekoittajaan. Ei saa ravistaa! Streck -putkia ei saa lähettää putkipostilla!

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Plasma (noin 9 ml) tulee erotella EDTA-kokoverestä mahdollisimman pian, viimeistään 2 tunnin kuluttua näytteenotosta. Erotettu plasma pakastetaan -20°C ja lähetetään tekopaikkaan pakastettuna. 

Pidempiaikainen säilytys -70°C:ssa.

TAI

Streck-puteen otettu näyte säilytetään ja kuljetetaan huoneenlämmössä. Näyte EI SAA jäätyä!

Näyte lähetetään tutkittavaksi mahdollisimman pian. Streck-putken tulee olla laboratoriossa viimeistä viiden (5) vuorokauden kuluttua näytteenotosta.

Menetelmä

Solun ulkoisen DNA:n eristys sekä alleelispesifinen ddPCR-menetelmä.

Menetelmällä voidaan osoittaa yleisimmät EGFR-mutaatot:

15 erilaista eksonin 19 deleetiota:
c.2235_2252>AAT
c.2235_2249del15
c.2236_2250del15
c.2238_2252>GCA
c.2238_2255del18
c.2239_2253>CAA
c.2239_2251>C
c.2239_2258>CA
c.2239_2252>CA
c.2239_2256del18
c.2239_2248TTAAGAGAAG>C
c.2239_2253del15
c.2239_2247delTTAAGAGAA
c.2240_2254del15
c.2240_2257del18

Pistemutaatiot:
c.2573T>G (aminohappomuutos p.L858R)
c.2369C>T (aminohappomuutos p.T790M)
c.2582T>A (aminohappomuutos p.L861Q)

Tulos valmiina

Noin 14 vuorokauden kuluttua näytteen saapumisesta laboratorioon.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto.