BAKTEERI, NUKLEIINIHAPPO (KVAL)

Indikaatiot

Epäily steriilin alueen bakteeri-infektiosta, erityisesti jos bakteeriviljely on negatiivinen esimerkiksi antibioottihoidon tai näytteessä mahdollisesti esiintyvän bakteerin vaikean viljeltävyyden vuoksi.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Näytteen laatu tai ottokohta merkittävä pyynnön lähete-kohtaan. BaktNhO-tutkimuksen näytteet pitää ottaa aseptisesti  ja lähettää erillisessä näyteputkessa, johon ei voida yhdistää muita tutkimuspyyntöjä, koska näytteet vaativat erikoiskäsittelyn. 

Näyteastia

Steriili tai tehdaspuhdas putki tai purkki.

EDTA- tai sitraattiputki.

Näyte

Steriilin alueen näytteet (kudospala tai aspiraatti): Steriilissä tai tehdaspuhtaassa putkessa/purkissa. Kudospalaan (halkaisija mielellään yli 3 mm) voidaan lisätä hieman steriiliä keittosuolaliuosta kuivumisen estämiseksi.

Likvori, lapsivesi tai muu hyytymätön neste (1-10 ml):  Steriilissä tai tehdaspuhtaassa putkessa.

Nivelneste, luuydin ja pleuraneste: vähintään 1 ml EDTA- tai sitraattiputkeen.

Tutkimusta ei ole tarkoitettu tehtäväksi verinäytteestä eikä näytteistä, joissa oletettavasti esiintyy normaaliflooran bakteereita. 

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näyte säilyy viikonlopun yli jääkaapissa. Lähetys huoneenlämmössä.

Menetelmä

Bakteerin osoitus 16s rRNA:ta koodaavan geenin monistuksella (PCR). Positiivisessa tapauksessa monistetun bakteeri DNA:n sekvensointi ja sekvenssin vertailu sekvenssitietokantoihin.

Tulos valmiina

Noin viikon kuluessa. DNA-sekvensointi ja lopullisen lajinimen varmistuminen saattaa kestää hieman kauemmin.

Tulkinta

Positiivinen PCR-tulos viittaa yhden tai useamman bakteerin läsnä­oloon näytteessä. Yhden bakteerin aiheuttamissa infektioissa pysty­tään aiheuttaja yleensä tunnistamaan ainakin sukutasolle. PCR-tuotteen sekvensointi ei onnis­tu jos bakteeria on näytteessä hyvin vähän.