HEMATOLOGINEN FUUSIOGEENISEULONTA, DIAGNOOSIVAIHE (KVAL)

Johdanto

Akuutin leukemian (ALL, AML) ja kroonisen myeloisen leukemian (KML) diagnoosivaiheen näytteestä tutkitaan yleisimpiä leukemioissa esiintyviä fuusiotranskipteja. Akuuteissa leukemioissa fuusiogeeniseulontatutkimuksella voidaan osoittaa 28 eri fuusiotranskiptia ja KML:ssa BCR-ABL1 -fuusiotranskriptin t(9;22)(q34;q11) eri alatyypit (M-bcr, P210; m-bcr, P190; μ-bcr, P230). Tutkimus täydentää näin ollen hematologista kromosomitutkimusta ja auttaa leukemian tyypityksessä. Fuusiogeeniseulontatutkimuksen avulla on myös mahdollista löytää molekyyligeneettinen markkeri taudin myöhempää kvantitatiivista seurantaa varten, jota voidaan myöhemmin käyttää jäännöstaudin osuuden kvantitatiivisessa määrittämisessä. Akuuteissa leukemioissa voidaan tunnistaa 28 seuraavan fuusiogeenin yleisimmät lähettityypit:

del1(p32) (STIL::TAL1)
t(9;12) (q34;p13) (ETV6::ABL1)
t(1;11) (p32;q23.3) (KMT2A::EPS15)
t(9,22) (q34;q11) (BCR::ABL1)
t(1;11) (q21;q23.3) (KMT2A::MLLT11)
t(10;11) (p12;q23.3) (KMT2A::MLLT10)
t(1;19) (q23;p13) (TCF3::PBX1)
t(11;17) (q23.3;q21) (KMT2A::MLLT6)
t(3;5) (q25;q34) (NPM1::MLF1)
t(11;17) (q23;q21) (ZBTB16::RARA)
t(3;21) (q26;q22) (RUNX1::MECOM)
t(11;19) (q23.3;p13.1) (KMT2A::ELL)
t(4;11) (q21;q23.3) (KMT2A::AFF1)
t(11;19) (q23.3;p13.3) (KMT2A::MLLT1)
t(5;12) (q33;p13) (ETV6::PDGFRB)
t(12;21) (p13;q22) (ETV6::RUNX1)
t(5;17) (q35;q21) (NPM1::RARA)
t(12;22) (p13;q11) (ETV6::MN1)
t(6;9) (p23;q34) (DEK::NUP214)
t(15;17) (q24;q21) (PML::RARA)
t(6;11) (q27;q23.3) (KMT2A::AFDN)
inv(16) (p13;q22) (CBFB::MYH11)
t(8;21) (q22;q22) (RUNX1::RUNX1T1)
t(16;21) (p11;q22) (FUS::ERG)
t(9;9) (q34;q34) (SET::NUP214)
t(17;19) (q22;p13) (TCF3::HLF)
t(9;11) (p21.3;q23.3) (KMT2A::MLLT3)
t(X;11) (q13;q23.3) (KMT2A::FOXO4)

Tiedustelut

Fimlabin asiakaspalvelu puh. 020 785 1000

Indikaatiot

Hematologisen potilaan diagnoosivaiheen tutkimus: krooniseen myelooiseen leukemiaan (KML) ja akuutteihin leukemioihin (ALL, AML) liittyvien yleisimpien fuusiolähettien osoitus.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

ATK-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9639 (veri) tai 9640 (luuydin). Mikäli ATK-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta. Lähetetekstiin tulee kirjata potilaan taustatiedot sekä halutaanko akuuttien leukemioiden fuusiogeeniseulonta vai KML-fuusiogeeniseulonta.

Näyte

Hematologista tautia epäiltäessä suositellaan luuydinnäytteen (Bm-fuus-mR, ATK-numero 9640) yhteydessä lisäksi verinäytteen ottamista varalle (B-GenEsik, ATK-numero 9601).

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity. 

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

CPT-putki on sentrifugoitava mahdollisimman pian näytteenotosta, viimeistään kuitenkin 2 tunnin sisällä. Mikäli näyte tulee TAYS:n ulkopuolelta, sentrifugointi on tehtävä lähettävässä yksikössä. CPT-putket sekoitetaan juuri ennen sentrifugointia kääntämällä ne ylösalaisin 8-10 kertaa ja sentrifugoidaan (1800g 20min, huoneenlämpö 18-25°C), minkä jälkeen putkia käännellään uudelleen ylösalaisin 8-10 kertaa. Merkitse fuugausaika putkeen. CPT-putkea ei saa pakastaa tai avata enää sentrifugoinnin jälkeen. Sentrifugoinnin jälkeen näyte lähetetään huoneenlämmössä mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon. Putken säilytys lähetykseen asti huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan multiplex RT-PCR -menetelmällä. 

Tulos valmiina

Tulos on valmiina viiden arkipäivän kuluessa. CBF-leukemioissa vastaus pyritään saamaan kahden arkipäivän kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto, josta ilmenee, onko näytteestä löytynyt jokin tutkituista fuusiogeeneistä. Samalla selviää myös, voidaanko potilasta seurata kvantitatiivisesti tällä molekyyligeneettisellä seurantamarkkerilla.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.