RNA, ERISTYS

Johdanto

RNA, eristys -tutkimuspyyntö on esikäsittelytutkimus, joka tilataan vain erityistapauksissa  mikäli veri-, luuydin- tai tuorekudosnäyte halutaan ottaa  RNA-pohjaiseen tutkimukseen, jolla ei ole omaa nimikettä. RNA:ta eli ribonukleiinihappoa käytetään lähtömateriaalina joissakin molekyyligeneettisissa tutkimuksissa. 

Tiedustelut

Fimlabin asiakaspalvelu puh. 020 785 1000

Indikaatiot

Tiedenäytteet ja erityistilanteet. Veri-, luuydin- tai tuorekudosnäytteestä tehtävän RNA-pohjaisen tutkimuksen esikäsittelytutkimus silloin, kun varsinaista RNA-pohjaista tutkimusta  ei tehdä (näyte otetaan varalle) tai tutkimuksella ei ole omaa spesifistä nimikettä ohjaamaan näytteenottoa ja näytteen lähetystä. 

Tutkimuksen tilaaminen

Tilataan tutkimusnumerolla: 91005 RNA, eristys.  Mikäli sähköistä pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy Extranet-palvelun (https://fimlab.fi/ammattilaisille/) Lähetteet ja lomakkeet -kansiosta.

HUOM! RNA-eristys on esikäsittelytutkimus, jota tarvitaan vain erityistilanteissa. Yleisimmät RNA-pohjaiset diagnostiset tutkimukset tilataan suoraan omilla tutkimusnimikkeillään. Eri tutkimukset vaativat erilaisia näyteastioita. Katso ystävällisesti Fimlabin ohjekirjasta oikea tutkimus, mm:

9639 B -Fuus-mR , 9640 Bm-Fuus-mR, HEMATOLOGINEN FUUSIOGEENISEULONTA, DIAGNOOSIVAIHE (KVAL)

9641 B -Fuus-qR, 9642 Bm-Fuus-qR, HEMATOLOGINEN FUUSIOGEENIN JÄÄNNÖSTAUTIMÄÄRITYS, SEURANTAVAIHE (KVANT)

4894 B -BCR-QR, BCR-ABL1-geenien Major-tyypin fuusio-RNA:n jäännöstautimääritys (kvant.)

92514 Bm-IgSHM-D, 92515 B -IgSHM-D, IMMUNOGLOBULIININ RASKAAN KETJUN (IgH) GEENIN SOMAATTISET HYPERMUTAATIOT

RNA-eristykseen tulevia näytteitä voidaan ottaa TAYSin ulkopuolella vain maanantaina-torstaina, jotta varmistetaan näytteen ajanmukainen saapuminen genetiikan laboratorioon. TAYSin alueella näytteitä voidaan  ottaa tarvittaessa myös perjantaina.

Näytteenotto CPT-putkiin on keskitetty Fimlab-alueella seuraaviin näytteenottopisteisiin:

Kanta-Häme: Fimlab Forssan sairaala, Fimlab Kanta-Hämeen keskussairaala, Fimlab Riihimäki

Keski-Suomi: Fimlab Nova

Pirkanmaa: Fimlab Tays

Pohjanmaa: Fimlab Vaasan keskussairaala

Päijät-Häme: Fimlab Päijät-Hämeen keskussairaala

Näyteastia

Verinäyte: CPT-putki  (BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity) tai EDTA-putki (9 ml, K2-EDTA)

Luuydinnäyte: CPT-putki (BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity)

Tuorekudos: 1.5 ml Eppendor-putki tai vastaa kuiva, puhdas putki.

Näyte

CPT-verinäyte: 2x 8 ml verta CPT-putkeen. Putkityyppi BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.

EDTA-verinäyte:  9 ml verta EDTA-putkeen (K2-EDTA). 

CPT-luuydinnäyte: 3 ml luuydintä sitraattiruiskulla CPT-putkeen. Putkityyppi BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Tuorekudosnäyte: Tarvittavan kudospalan koko "noin nuppineulan pään" kokoinen pala tai 30 mg. Mikäli mahdollista, otetaan kaksi näytepalaa samaan putkeen.

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika ja CPT-putkissa putken sentrifugointiaika.  CPT-näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

CPT-putki: CPT-putki on sentrifugoitava mahdollisimman pian näytteenotosta, viimeistään kuitenkin 2 tunnin sisällä. Mikäli näyte tulee TAYS:n ulkopuolelta, sentrifugointi on tehtävä lähettävässä yksikössä. CPT-putket sekoitetaan juuri ennen sentrifugointia kääntämällä ne ylösalaisin 8-10 kertaa ja sentrifugoidaan (1800g 20min, huoneenlämpö 18-25°C), minkä jälkeen putkia käännellään uudelleen ylösalaisin 8-10 kertaa. Merkitse fuugausaika putkeen. CPT-putkea ei saa pakastaa tai avata enää sentrifugoinnin jälkeen. Sentrifugoinnin jälkeen näyte lähetetään huoneenlämmössä mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon. Putken säilytys lähetykseen asti huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa.

EDTA-putki: Näytteen on oltava genetiikan laboratoriossa 24 tunnin kuluttua näytteenotosta. EDTA-näyte voidaan kuljettaa huoneenlämmössä. Näytettä ei voida säilyttää.

Tuorekudos: Siirrä näyteputki mahdollisimman pian näytteenoton jälkeen jäihin. Laboratoriossa näyte siirretään mahdollisimman pian kuivajäihin. Näyte lähetetään kuivajäihin pakattuna. Näytteen on oltava Fimlabin genetiikan laboratoriossa näytteenottopäivänä tai viimeistään seuraavana aamuna. Näytettä ei voida säilyttää. Näytepaketin ulkopuolle on laitettava merkintä kylmälähetyksestä. Näyte siirretään genetiikan laboratoriossa mhdollisimman pian -80°C pakastimeen.

Menetelmä

RNA-eristetään näytteestä tehtävän tutkimuksen vaatimalla menetelmällä.

Tulos valmiina

RNA-eristys on valmiina viimeistään neljän työpäivän kuluessa näytteen saapumisesta genetiikan laboratorioon.

Tulkinta

RNA-eristyksestä annetaan lausuntomuotoinen vastaus.

Virhelähteet

RNA on helposti hajoava molekyyli. RNA:n laadun ja saannon kannalta on oleellisen tärkeää, että näytteet käsitellään ja lähetetään ohjeen mukaan. CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä ja putken säilytys valolta suojattuna samoin kuin  tuorekudosnäytteen siirtäminen jäihin mahdollisimman pian näytteenoton jälkeen sekä putken edelleen siirtäminen hiilihappojäihin mahd. nopeasti on tärkeää. Kaikki näytteet tulee lähettää genetiikan laboratorioon mahdollisimman pian: tuorekudosnäytteen on saavuttava genetiikan laboratorioon näytteenottopäivänä tai viimeistään seuraavana aamuna, EDTA-näytteen ja CPT-näytteen on oltava genetiikan laboratoriossa vuorokauden sisällä näytteenotosta.