BAKTEERI, NUKLEIINIHAPPO (KVAL)

Indikaatiot

Epäily steriilin alueen bakteeri-infektiosta, erityisesti jos bakteeriviljely on negatiivinen esimerkiksi antibioottihoidon tai näytteessä mahdollisesti esiintyvän bakteerin vaikean viljeltävyyden vuoksi.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Näytteen laatu tai ottokohta merkittävä pyynnön lähete-kohtaan. BaktNhO-tutkimuksen näytteet pitää ottaa steriilisti ja lähettää erillisessä näyteputkessa, johon ei voida yhdistää muita tutkimuspyyntöjä, koska näytteet vaativat erikoiskäsittelyn, joka poikkeaa muiden NhO-näytteiden käsittelystä. 

Näyteastia

Steriili tai tehdaspuhdas putki tai purkki.

Näyte

Steriilin alueen näytteet (kudospala tai aspiraatti): tiivisteellisessä PCR-putkessa tai muussa tehdaspuhtaassa putkessatai tehdaspuhtaassa purkissa. Kudospalaan (halkaisija mielellään yli 3 mm) voidaan lisätä hieman steriiliä keittosuolaliuosta kuivumisen estämiseksi.

Likvori, lapsivesi tai muu hyytymätön neste (1-10 ml):  tiivisteellisessä PCR-putkessa tai muussa tehdaspuhtaassa putkessa.

Nivelneste, luuydin ja pleuraneste: 1 ml EDTA- tai sitraattiputkeen.

Tutkimusta ei ole tarkoitettu tehtäväksi verinäytteestä eikä näytteistä, joissa oletettavasti esiintyy normaaliflooran bakteereita. 

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näyte säilyy viikonlopun yli jääkaapissa. Lähetys huoneenlämmössä.

Menetelmä

Bakteerin osoitus DNA-monistusmenetelmällä (PCR). Positiivisessa tapauksessa bakteeri tunnistetaan määrittämällä ribosomaalista RNA:ta koodaavan geenin emäsjärjestys ja vertaamalla sitä tunnettu­jen bakteerien sekvensseihin.

Tulos valmiina

Noin viikon kuluessa. DNA-sekvensointi ja lopullinen lajinimi kestävät valmistua hieman kauemmin.

Tulkinta

Positiivinen PCR-tulos viittaa yhden tai useamman bakteerin läsnä­oloon näytteessä. Yhden bakteerin aiheuttamissa infektioissa pysty­tään aiheuttaja yleensä tunnistamaan ainakin sukutasolle. PCR-tuotteen sekvensointi ei onnis­tu jos bakteeria on näytteessä hyvin vähän.