Trioeksomitutkimus prenataalinäytteestä, Medicover

Johdanto

Näillä tutkimusnimikkeillä tilataan vain alihankintalaboratorio Medicover Geneticsin (MVZ Martinsried) prenataalinäytteiden trioeksomitutkimuksia.

Prenataalinäytteiden eksomisekvensointitutkimus sisältää kaikkien noin 20 000 geenin proteiinia koodaavien alueiden sekvensoinnin lisäksi deleetio/duplikaatioanalyysin, minkä avulla määritetään mahdolliset geenien kopiolukumuutokset (CNV - Copy Number Variants). Tutkimus sisältää myös intronien (ei proteiinia koodaava alue) alueella sijaitsevien tiettyjen tunnettujen tautia aiheuttavien varianttien määrittämisen.

Tiedustelut

Tutkimukseen liittyvät tilaus- ja hintatiedustelut Fimlabin toiminta-alueella:

Fimlab asiakaspalvelu ja neuvonta, puh 020 785 1000

Genetiikan koordinaattori, puh 050-4702901

myynti@Fimlab.fi

Indikaatiot

Ultraäänessä tai muissa tutkimuksissa todetut sikiön poikkeavuudet.

Lähetteessä tulee kuvata kliiniset löydökset sekä mahdollinen sukuhistoria. Näytteiden mukana on lisäksi lähetettävä sikiön löydöksiä kuvaava HPO-termien kaavake (Human Phenotype Ontology)

Tutkimuksen tilaaminen

Tutkimuksen tilaus tehdään kullakin toimialueella olevaan laboratorio- tai potilastietojärjestelmään.

Lapsivesinäytteet: Am-ExTri-D (27177)

Istukkanäytteet: Cv-ExTri-D (27178)

Sikiön kudosnäytteet: Ts-ExTri-D (27176)

Näytteiden lähettäminen alihankintalaboratorioon voi viivästyä, mikäli näytteen puutteellisia esitietoja joudutaan selvittämään.

Lähetetietoihin kirjataan selkeästi:

a) sikiön kliiniset tiedot/tutkimusindikaatio

b) mahdolliset tarkennukset tutkimuspyyntöön eksomisekvensoinnin tulkintaa ajatellen

Lähetetietojen lisäksi tarvitaan seuraavat kaavakkeet:

Prenataalinäytteiden trioeksomisekvensointitutkimuksia tilattaessa sikiön vanhemmille on annettava riittävä informaatio eksomisekvensointitutkimuksen luonteesta ja saatava allekirjoitettu tietoon perustuva suostumuslomake tutkimukseen. Suostumuslomake on avattavissa ja printattavissa: suomeksi ja englanniksi. Tämän lisäksi Fimlabille toimitetaan kliinisten lisätietojen lomake  Genetiikka WES Kliiniset lisätiedot lähetteeseen HPO-termein, lisäkysymysten ja tarkempien kliinisten tietojen välittämiseksi alihankintalaboratorioon HPO (Human Phenotype Ontology) termein. Lomakkeet löytyvät myös Fimlabin ohjekirjasta kohdasta "Lähetteet ja lomakkeet". HPO-lomakkeeseen täytetään lomakkeen yläreunaan odottajan tiedot ja lomakkeen alaosasta täytetään osio ”Prenatal analysis”. Täytetty ja allekirjoitettu suostumuslomake sekä kliinisten lisätietojen lomake toimitetaan FIMLABin Genetiikan laboratorioon joko faxilla 09-42578283, salatulla sähköpostilla osoitteeseen genetiikka@fimlab.fi tai viimeistään näyteputken yhteydessä.

Sikiön tutkimus tilataan näillä kyseisillä tutkimusnimikkeillä, mutta tutkimuskokonaisuuteen liittyvät vanhempien ja mahdollisten muiden perheenjäsenten tutkimukset tilataan tutkimusnimikkeellä "Kontrollinäyte sukulaisen sekvensointitutkimukseen" 92567 B -Kontr-D.

Näyteastia

Lapsivesi (Am-ExTri-D): Näytteenottoruisku (10/20 ml)

Istukkanäyte (Cv-ExTri-D) ja sikiön kudosnäyte (Ts-ExTri-D): Steriili näyteastia, jossa ravintonestettä (tai fysiologista keittosuolaliuosta), tilataan genetiikan laboratoriosta puh 03 311 75424

Näyte

Lapsivesi (Am-ExTri-D): Vähintään 10 ml lapsivettä näyttenottoruiskussa. Otathan huomioon lapsivesinäytteen kokonaismäärässä, että muihin lapsivesinäytteestä tehtäviin tutkimuksiin tarvitaan myös näytettä. Epäselvissä tilanteissa kysy genetiikan laboratoriosta puh 03 311 75809.

Istukkanäyte, Istukkabiopsia (Cv-ExTri-D): 10-40 mg preparoituja istukan nukkalisäkkeitä (korionvilluksia).

Syntyneen lapsen istukka (Cv-ExTri-D): Preparoidaan noin 1 cm3 normaalin näköistä istukkakudosta läheltä napanuoran insertiokohtaa.

Sikiön kudosnäyte (Ts-Extri-D): Otetaan steriilisti pala ihoa (0.5 - 1 cm2) ja siirretään se steriiliin näyteastiaan, jossa on ravintonestettä (RPMI) tai fysiologista keittosuolaliuosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näyte toimitetaan mahdollisimman nopeasti genetiikan laboratorioon. Näytteen säilytys ja lähetys huoneenlämmössä.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing). Menetelmällä määritetään sekä sekvenssivariantit että mahdolliset kopiolukumuutokset (CNV-analyysi).

Tulos valmiina

Käynnissä olevissa raskauksissa 14 kalenteripäivässä näytteen saapumisesta alihankintalaboratorioon. Muilla näytteillä noin 4 viikossa näytteen saapumisesta alihankintalaboratorioon.

Istukkanäytteistä ja sikiön kudosnäytteistä eristetty DNA lähetetään Medicoverin genetiikan laboratorioon viikon kuluessa näytteen saapumisesta Fimlabin genetiikan laboratorioon.

Lyhytviikkoisia lapsivesinäytteitä viljellään ensin riittävän DNA-saannon varmistamiseksi ja viljellyistä soluista eristetään DNA:ta Fimlabin genetiikan laboratoriossa . Eristetty DNA lähetetään Medicoverin genetiikan laboratorioon noin 2–4 viikon kuluessa näytteen saapumisesta Fimlabin genetiikan laboratorioon.

Pitkäviikkoisista lapsivesinäytteistä suositellaan tilaamaan TYKS genetiikan laboratoriosta alihankittava vastaava tutkimus: Ts-PrenTri (14765)!

Näytteiden lähettäminen alihankintalaboratorioon voi viivästyä, mikäli näytteen puutteellisia esitietoja joudutaan selvittämään.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausuntomuotoinen vastaus. Alihankintalaboratorion vastauksesta kirjoitetaan lyhyt suomenkielinen yhteenveto ja alkuperäinen vastaus on kokonaisuudessaan nähtävissä WebFimlab-palvelun tulosnäkymässä.

Tutkimuksella voidaan todeta pienet yksittäisten emästen muutokset, pienet insertiot/deleetiot (<20bp) sekä laajempia kopiolukumuutoksia. Analyysi kohdennetaan ensisijaisesti kliinisesti merkittävälle kohdealueelle (OMIM:n mukaiset tautia aiheuttavat geenit) ja geeneihin, jotka saatujen esitietojen perusteella selittävät sikiöllä havaitut poikkeavuudet. Tulkinnan kannalta on välttämätöntä kuvata kliiniset esitiedot ja sukuhistoria mahdollisimman tarkasti. Analyysissä hyödynnetään HPO-termejä. Näiden termien ilmoittaminen esitiedoissa selkeästi varmistaa, että tulosten analyysissä käytetään sikiön poikkeavuuksien kannalta keskeisiä tietoja. Tästä syystä eksomisekvensointitutkimuksia tilattaessa täytetään suostumuskaavakkeen lisäksi myös paperinen lähete tarkempien kliinisten tietojen välittämiseksi alihankintalaboratorioon HPO-termein.

Mahdolliset geenimuutokset ja niiden merkitys arvioidaan ja muutokset luokitellaan ACMG-kriteereihin perustuvalla viisiportaisella luokittelulla (5. patogeeninen, 4. todennäköisesti patogeeninen, 3. VUS = kliiniseltä merkitykseltään avoin (variant of unknown significance), 2. todennäköisesti harmiton ja 1. harmiton). Sikiöllä havaitut poikkeavuudet suurella todennäköisyydellä selittävät patogeeniset tai todennäköisesti patogeeniset löydökset raportoidaan.

Eksomisekvensoinnissa saattaa vanhempien näytteistä tulla esiin merkittävä geenivariantti, joka ei ole yhteydessä sikiön löydöksiin. American College of Medical Genetics (ACMG) on suosituksissaan listannut geenejä, joiden sivulöydösten raportointia suositellaan laajempien sekvensointitutkimusten yhteydessä (www.acmg.net / ACMG SF v3.3 list for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing: A policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)). Näihin geeneihin liittyvät sairaudet tai sairastumisalttiudet ovat sellaisia, joissa seurannalla tai hoidolla saattaa olla merkitystä henkilön terveydentilaan. Tutkimuksen yhteydessä voidaan kliinisen harkinnan perusteella raportoida myös muita sivulöydöksiä, joilla on merkitystä henkilön terveydentilan kannalta (esimerkiksi korkean syöpäriskin aiheuttavat geenivariantit, joiden perusteella henkilölle voidaan tarjota jatkotoimenpiteitä). Sivulöydöksiä käsitellään tutkittavan allekirjoitetun suostumuksen mukaisesti ja tutkittavan niin toivoessa (kysymys asiasta suostumuslomakkeella) lausunnossa raportoidaan sellaiset muutokset, jotka voidaan selvästi luokitella patogeenisiksi tai todennäköisesti patogeenisiksi.

Sikiönäytteestä ei raportoida resessiivisten tautien kantajuuksia tai perinnöllisiä syöpäalttiuksia eikä aikuisiällä puhkeavien tautien tai alentuneen penetranssin variantteja. Menetelmällä ei voida osoittaa toistojaksovariantteja, matalan heteroplasmia-asteen mitokondriaalsia variantteja, syvällä intronissa sijaitsevia variantteja, matala-asteista mosaikismia (<20 %) tai deleetioita tai insertioita jotka ovat kooltaan 20-200bp.  Kooltaan 200-1000bp olevat deleetiot ja insertiot pystytään havaitsemaan alentuneella herkkyydellä. Mikäli variantti sijaitsee homopolymeerisella alueella tai geenillä on hyvin homologinen pseudogeeni, geeniä/varianttia ei välttämättä voida luotettavasti analysoida. Tutkimukseen ei sisälly eksonien eli proteiinia koodaavien alueiden ulkopuoliset alueet (kuten intronit, promoottori-alueet, tehostaja-alueet, ei-transloidut alueet), poikkeuksena yksittäiset tunnetut variantit.