Trioeksomitutkimus prenataalinäytteestä, TYKS

Johdanto

Tällä tutkimusnimikkeellä tilataan vain TYKS genetiikan laboratoriosta alihankittavia prenataalinäytteiden trioeksomitutkimuksia.

Prenataalinäytteiden eksomisekvensointitutkimus sisältää kaikkien noin 20 000 geenin proteiinia koodaavien alueiden sekvensoinnin lisäksi deleetio/duplikaatioanalyysin, minkä avulla määritetään mahdolliset geenien kopiolukumuutokset (CNV - Copy Number Variants). Tutkimus sisältää myös intronien (ei proteiinia koodaava alue) alueella sijaitsevien tiettyjen tunnettujen tautia aiheuttavien varianttien määrittämisen.

Tiedustelut

Tutkimukseen liittyvät tilaus- ja hintatiedustelut Fimlabin toiminta-alueella:

Fimlab asiakaspalvelu ja neuvonta, puh 020 785 1000

Genetiikan koordinaattori, puh 050-4702901

myynti@Fimlab.fi

Indikaatiot

Ultraäänessä tai muissa tutkimuksissa todetut sikiön poikkeavuudet.

Lähetteessä tulee kuvata kliiniset löydökset mahdollisimman tarkasti sekä mahdollinen sukuhistoria. Myös analysoinnissa käytettävien sikiön löydöksiä kuvaavien HPO-termien (Human Phenotype Ontology) ilmoittaminen lähetteessä selkeästi varmistaa, että tulosten analyysissä käytetään sikiön löydösten kannalta keskeisiä tietoja.

Tutkimuksen tilaaminen

Tutkimuksen tilaus tehdään kullakin toimialueella olevaan laboratorio- tai potilastietojärjestelmään.

Tutkimus tilataan kaikista näytemateriaaleista nimikkeellä Ts-PrenTri (14765)

Näytteiden lähettäminen alihankintalaboratorioon voi viivästyä, mikäli näytteen puutteellisia esitietoja joudutaan selvittämään!

Lähetetietoihin kirjataan selkeästi:

a) sikiön kliiniset tiedot/tutkimusindikaatio

c) mahdolliset tarkennukset tutkimuspyyntöön eksomisekvensoinnin tulkintaa ajatellen

Tarkat kliiniset esitiedot lähetteessä ovat välttämättömiä onnistuneelle eksomisekvensointianalyysille.

Lähetetietojen lisäksi tarvitaan suostumuskaavake:

Prenataalinäytteiden trioeksomisekvensointitutkimuksia tilattaessa sikiön vanhemmille on annettava riittävä informaatio eksomisekvensointitutkimuksen luonteesta ja saatava allekirjoitettu tietoon perustuva suostumuslomake tutkimukseen. TYKS genetiikan laboratorion potilastiedote sikiön eksomitutkimuksesta sekä suostumuslomakkeet ovat saatavilla TYKS genetiikan internet-sivuilta. Täytetty ja allekirjoitettu suostumuslomake toimitetaan FIMLABin Genetiikan laboratorioon joko faxilla 09-42578283, salatulla sähköpostilla osoitteeseen genetiikka@fimlab.fi tai viimeistään näyteputken yhteydessä.

Sikiön tutkimus tilataan tällä kyseisellä näytenumerolla, mutta tutkimuskokonaisuuteen liittyvät vanhempien ja mahdollisten muiden perheenjäsenten tutkimukset tilataan tutkimusnimikkeellä "Kontrollinäyte sukulaisen sekvensointitutkimukseen" 92567 B -Kontr-D.

Näyteastia

Lapsivesi: Näytteenottoruisku (10/20 ml)

Istukkanäyte  ja sikiön kudosnäyte: Steriili näyteastia, jossa ravintonestettä (tai fysiologista keittosuolaliuosta), tilataan genetiikan laboratoriosta puh 03 311 75424

Näyte

Lapsivesi:  Vähintään 10 ml lapsivettä näytteenottoruiskussa. Otathan huomioon lapsivesinäytteen kokonaismäärässä, että muihin lapsivesinäytteestä tehtäviin tutkimuksiin tarvitaan myös näytettä. Epäselvissä tilanteissa kysy genetiikan laboratoriosta puh 03 311 75809.

Istukkanäyte, Istukkabiopsia: 10–40 mg preparoituja istukan nukkalisäkkeitä (korionvilluksia).

Syntyneen lapsen istukka: Preparoidaan noin 1 cm3 normaalin näköistä istukkakudosta läheltä napanuoran insertiokohtaa.

Sikiön kudosnäyte: Otetaan steriilisti pala ihoa (0.5 - 1 cm2) ja siirretään se steriiliin näyteastiaan, jossa on ravintonestettä (RPMI) tai fysiologista keittosuolaliuosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näyte toimitetaan mahdollisimman nopeasti genetiikan laboratorioon. Näytteen säilytys ja lähetys huoneenlämmössä.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing). Menetelmällä määritetään sekä sekvenssivariantit että mahdolliset kopiolukumuutokset (CNV-analyysi).

Tulos valmiina

10 arkipäivässä näytteen saapumisesta alihankintalaboratorioon.

Pitkäviikkoiset lapsivesinäytteet lähetetään Fimlabin genetiikan laboratoriosta viipymättä TYKS genetiikan laboratorioon. Tarvittaessa tarkasta aikataulusta voi olla etukäteen yhteydessä Fimlabin genetiikan laboratorioon.

Lyhytviikkoisia lapsivesinäytteitä viljellään ensin riittävän DNA-saannon varmistamiseksi ja viljellyistä soluista eristetään DNA:ta Fimlabin genetiikan laboratoriossa. Eristetty DNA lähetetään TYKS genetiikan laboratorioon noin 2–4 viikon kuluessa näytteen saapumisesta Fimlabin genetiikan laboratorioon.

Istukkanäytteistä ja sikiön kudosnäytteistä eristetään Fimlabin genetiikan laboratoriossa DNA:ta ja eristetty DNA lähetetään TYKS genetiikan laboratorioon viikon kuluessa näytteen saapumisesta Fimlabin genetiikan laboratorioon.

Näytteiden lähettäminen alihankintalaboratorioon voi viivästyä, mikäli näytteen puutteellisia esitietoja joudutaan selvittämään!

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausuntomuotoinen vastaus. Alihankintalaboratorion vastauksesta kirjoitetaan lyhyt yhteenveto ja alkuperäinen vastaus on kokonaisuudessaan nähtävissä WebFimlab-palvelun tulosnäkymässä. 

Analyysi kohdennetaan ensisijaisesti kliinisesti merkittävälle kohdealueelle (OMIM:n mukaiset tautia aiheuttavat geenit) ja geeneihin, jotka saatujen esitietojen perusteella selittävät sikiöllä havaitut poikkeavuudet. Tutkimuksella voidaan todeta pienet yksittäisten emästen muutokset (snv/indel), pienet <50 bp indel-variantit sekä kopiolukumuutokset, joiden koko on >2 eksonia.

Mahdolliset geenimuutokset ja niiden merkitys arvioidaan ja muutokset luokitellaan ACMG-kriteereihin perustuvalla viisiportaisella luokittelulla (5. patogeeninen, 4. todennäköisesti patogeeninen, 3. VUS = kliiniseltä merkitykseltään avoin (variant of unknown significance), 2. todennäköisesti harmiton ja 1. harmiton). Sikiön eksomitutkimuksessa raportoidaan sellaiset variantit, jotka luokittuvat todennäköisesti tai varmasti sairautta aiheuttaviksi eli patogeeniksi ACMG-luokituksen mukaan, ja sopivat selittämään sikiöllä todetut löydökset tai aiheuttavat vaikean/keskivaikean lapsuusiän sairauden. Merkitykseltään epäselviä variantteja (VUS) ei pääsääntöisesti lausuta. Poikkeuksena on tilanne, jossa VUS-variantti sopii hyvin sikiöllä todettuun oirekuvaan ja moniammatillisen työryhmän arvion pohjalta VUS-variantti katsotaan aiheelliseksi raportoida.

Sikiön eksomitutkimuksessa voidaan joskus todeta variantteja, jotka aiheuttavat lapsuusiällä alkavan vaikean sairauden, mutta eivät selitä sikiöllä raskauden aikana todettuja löydöksiä esimerkiksi kehitysvammaisuutta aiheuttava aspartyyliglukosaminuria (AGU) tauti tai vaikea aineenvaihduntasairaus, jonka hoito kannattaa aloittaa heti lapsen syntymän jälkeen.

Tutkimuksessa voidaan myös joskus todeta molemmilla vanhemmilla perinnöllisen vaikean lapsuusiän sairauden kantajuus, jolla on merkittävä toistumisriski perheen mahdollisissa tulevissa raskauksissa, esimerkiksi molempien vanhempien kantajuus AGU-taudille, mikä voi vaikuttaa perhesuunnitteluun jatkossa.

Mitokondriaalisia variantteja,  resessiivisten tautien kantajuuksia tai alentuneen penetranssin variantteja ei raportoida sikiöltä. Vanhemmilta ei raportoida ACMG-listauksen mukaisia sivulöydöksiä. Menetelmällä ei voida osoittaa toistojaksovariantteja, genomisen kokoluokan uudelleenjärjestymiä (esim. kopiolukumuutoksia, joiden koko on pienempi kuin kaksi eksonia), syvällä intronissa sijaitsevia variantteja tai matala-asteista mosaikismia. Mikäli geenillä on hyvin homologinen pseudogeeni tai sen alueella sijaitsee segmentaalisia duplikaatioita, geeniä ei välttämättä voida luotettavasti analysoida.